棉籽中含有棉酚，在预处理工艺中需要进行高水分蒸炒，以减少毛油中棉酚的含量。经过精炼的棉籽油完全食用安全。提高毛棉油的质量。但棉籽饼粕中的棉酚，传统制油方法制取的毛油和饼粕中含有棉酚，影响了饼粕的饲用价值。对饼粕需要经过脱毒处理方可用作饲料。而至今没有理想的脱毒工艺。
棉籽含壳39～52%，含仁48～61%。壳中含油0.3～1%。棉仁含油30～35%,含蛋白35～38%。棉籽中含有0.8～1.3%的棉酚。传统的棉籽制油工艺是预榨浸出法或压榨法。由于棉籽的含壳量较高且含有棉酚，因此，需要在预处理过程中进行剥壳并采用高水分蒸炒，以减少毛棉油中的棉酚含量。

常用的棉籽油加工成套设备的制油工艺：

棉籽→清理→剥壳→仁壳分离→轧胚→高水分蒸炒→预榨→浸出

棉籽油浸出设备

棉籽毛油中残留的少量棉酚，可以在油脂碱炼脱酸过程中除去，不影响油品的质量。去壳棉籽粕的蛋白质含量达50～60%，且棉籽蛋白在质量上近似于豆类蛋白，但由于棉籽粕中残留棉酚的毒性，使其不能直接用作饲料，若用作饲料需要经过专门的脱毒处理。因此很多地区只得将其作为肥料或限量用作反刍动物的饲料，造成蛋白资源的浪费。
对棉籽制油工艺也曾作过混合溶剂萃取，即利用棉酚在醇类溶剂中的溶解特性，采用混合溶剂（如己烷、乙醇或丙酮、水）从棉仁中同时将棉油和棉酚提取出来，以得到低棉酚含量的饲用棉籽粕。但此工艺在工业化生产中存在一些问题，如溶剂分离和回收困难，溶剂消耗大，成本高，混合溶剂萃取出的毛棉油中含有大量的棉酚和色素使油品质量下降等。由此影响了此技术在工业上的推广应用。